Depois de um pouco de tentativa e erro eu encontrei a resposta, quando você abrir o Fireftp e acessar o seu servidor, você terá 4 painéis - da esquerda para a direita
- Árvore de máquina local
- seção de detalhes da máquina local
- Árvore de servidores
- Seção de detalhes do servidor
Se você quiser fazer o download de algo para dizer que a pasta de downloads em sua máquina local tem a pasta de downloads selecionada na Árvore de máquina local , clique com o botão direito no arquivo desejado na seção Detalhe do servidor e selecione download, isso fará o download desse arquivo para a seção de downloads.