Para transferir diretórios com scp você deve sempre usar -r
.
Normalmente, a mensagem de erro esperada diria a você que my-store
não é um arquivo regular (o que claramente não é), em vez de declarar que não existe tal arquivo ou diretório.
Além disso, a menos que você realmente deseje "/" (raiz do sistema) como destino, remova a barra antes do ponto.