O FLAC, por ser uma compactação sem perdas, é adequado para o seu propósito.
E você possivelmente está certo, 44.1kHz parece ser demais, acho que até 16kHz pode fazer o trabalho, mas acho que eu faria isso com amostragem de 22kHz. (Se eu tivesse que projetar um armazenamento baseado em cassete compacto, eu não iria mais do que sinais de 10kHz com certeza ...) Você teria que verificar a documentação, se algo assim estivesse disponível ...
Talvez eu verifique isso digitalizando um cassete, depois gravando o conteúdo digitalizado em outro cassete e tentando usar o cassete copiado.
Além disso, eu não sei, se ele usou o formato estéreo ou mono, pode valer a pena checar também.
A propósito, como você conseguiu esse tipo de computador aqui na Hungria? Isso não era proibido na época? (Lista COCOM, etc ...)
EDIT Eu pensei duas vezes. Não é possível obter os dados em formato digital a partir do próprio MZ-700? Quero dizer, em vez de armazenar o conteúdo analógico, que seria interpretado em conteúdo digital pelo computador, seria possível armazenar o dta digital diretamente. Ok, seria necessário um software de codificação para levar isso a um cassete em formato analógico novamente, mas, assim, a qualidade do conteúdo não se degradaria, como acontece com os sinais analógicos. Isso tornaria muito mais fácil e muito menos redundante. A partir de arquivos de vários megabytes, você teria arquivos de algumas dezenas de kilobytes ...