Você pode criar um atalho para o seu script em lote, clicar com o botão direito nele e abrir as propriedades. Lá você encontrará uma lista suspensa onde poderá optar por executar o script minimizado.
Outra maneira de fazer isso seria fazer o script começar usando o parâmetro min
:
@echo off
pushd "%~dp0"
if "%1"=="done" goto runtime
for %%I in (%0) do start "" /min %%~sI done
exit
:runtime
title Minimised
echo Code goes here
pause
exit /b
Eu usei %%~sI
para executar o comando start
com nomes 8.3 para evitar problemas com espaço em branco em nomes de caminho ou arquivo.