Bem, existe Unison . É parte do software que permite sincronizar duas árvores do sistema de arquivos, também através de uma rede. Sua principal força é, na minha opinião, que é uma ferramenta que faz estritamente uma coisa, e isso é bastante decente. Além disso, é possível conectar outras soluções para mesclagens e pode ser chamado de script.
Para seus outros pontos: O problema com as mesclagens é o tipo de arquivo. Para arquivos de texto, existem algoritmos decentes para mesclar . Para outros formatos de arquivo, pode ser mais complicado. Se você encontrar um aplicativo que faz mesclagens para .DOC e .XLS e que pode ser chamado a partir da linha de comando, é possível chamá-lo no Unison.
Para agendar o Unison (ou qualquer outro software), você pode usar cronjobs ou Agentes de lançamento . Então, se synctwofolders
satisfizer todas as suas outras necessidades, talvez você queira escrever um agente de ativação para ele.