Eu não acho que a escolha seja importante no que diz respeito ao Ubuntu, a única preocupação é que, se você instalar em C, existe a possibilidade de que o Windows fique sem espaço para fazer sua parte. Da mesma forma, se você ficar sem espaço no Ubuntu, seria difícil expandir também.
Assim, para casos simples, a escolha é boa, mas o id recomenda ir para uma unidade diferente