NOTA: Eu não estou familiarizado com o Linux 3.
Eu posso adivinhar agora, o caminho errado causa este problema ao executar o comando lilo. Lilo instalou mbr em outro lugar.
1º: Pare de recompilar seu kernel porque eu acho que nem começou a inicialização.
2º: Verifique novamente o caminho para os arquivos de inicialização e os caminhos ao executar o lilo. Leia sobre o lilo -r switch
system=sda2
mbr=sda
lilo -F -r /mnt/$system -b /dev/$mbr -C /etc/lilo.conf
Mostrar saída:
/sbin/sfdisk -d /dev/sda
ls -all /boot/
lilo
dmesg
Eu sugiro que você use a opção L:
cp -L /usr/src/linux/System.map /boot/System.map-3.2.2
cp -L /usr/src/linux/arch/i386/boot/bzImage /boot/vmlinuz-3.2.2
Tem certeza de que o Linux está botando?