O instalador do Xcode 4.3 deve ter removido /Developer/
. Eu acho que brew doctor
apenas verifica se existe. Consegui instalar o irssi sem ele.
As versões mais recentes dos SDKs devem estar em /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/
.
Você provavelmente poderia excluir apenas /Developer/
completamente. Consulte Desinstale o Xcode 4 quando ele foi instalado por meio do App Store e Como remover versões anteriores do Xcode .