Você sempre pode usar um loop de shell:
while read url; do wget -O foo_$((++i)).json "$url"; done < list.txt
O arquivo list.txt é sua lista de URLs, um por linha. Isso é lido pelo loop while, cada URL é salvo como $url , o wget faz o download e o -O sinaliza para salvar em um arquivo chamado foo_N.json , em que N é o valor atual de $i . Como $i é incrementado em cada iteração ( $((++i)) ), isso resultará em uma sequência crescente de nomes de arquivos.