Seu comando existente:
for %%a in (C:\Test\*.*) do if "%%~xa" == "" move /Y "C:\Test\%%~na%%~xa" "D:\Done"
Diz "se o arquivo não tiver extensão, em seguida, mova-o para d: \ Done" - não está claro por que você está fazendo os testes de nome e extensão no movimento. Parece que isso seria igualmente eficaz:
for %%a in (C:\Test\*.*) do if "%%~xa" == "" move /Y "%%a" "D:\Done"
Nesse caso, isso faria os dois diretórios na mesma linha:
for %%a in (C:\Test\*.* C:\Sample\*.*) do if "%%~xa" == "" move /Y "%%a" "D:\Done"
Quanto a escolher diferentes diretórios de destino, isso dependeria inteiramente dos critérios.