Flatten Artwork (acessado a partir do menu suspenso no painel Layers) reduzirá várias camadas para uma nova camada. Esteja ciente, no entanto, de que algumas máscaras de recorte podem ser perdidas se tiverem sido colocadas na raiz de uma determinada camada e não em um grupo com os objetos que estão recortando. (Eu lidei com isso algumas vezes no passado com o trabalho artístico fornecido por um cliente em particular)
Meu outro conselho seria salvar periodicamente durante a edição extensiva no Illustrator ou fazer alguns backups de seu trabalho artístico no caso de um desastre. Ser capaz de voltar a apenas alguns minutos atrás, em vez de algumas horas atrás, é uma sensação boa, posso atestar! :) Lamento ouvir sobre sua experiência desagradável - o Illustrator é um poderoso software, mas às vezes pode ser muito poderoso para seu próprio bem.