Você deve usar SystemRescueCD e o GParted para alterar os sinalizadores das partições sem limpá-los. (Como sempre, ao usar as ferramentas de particionamento, faça um backup da sua unidade primeiro.)
Por outro lado, se o computador não estiver se comportando de maneira estranha, não haverá problema em deixar a bandeira lá. "Se não está quebrado, não conserte."
Editar: Eu encontrei referências na rede que EasyBCD com seu suporte de inicialização dupla deve ser capaz de gerenciar o sistema bandeira.