Problema de instalação e execução da BioPerl

Question

Eu instalei o Active Perl no Windows XP. Através do Perl Package Manager eu instalei repositórios BioPerl. Mas ao tentar executar este programa BioPerl:

#!/usr/bin/env perl
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;

# create a sequence object of some DNA
my $seq = Bio::Seq->new(-id => 'testseq', -seq => 'CATGTAGATAG');

# print out some details about it
print "seq is ", $seq->length, " bases long\n";
print "revcom seq is ", $seq->revcom->seq, "\n";

# write it to a file in Fasta format 
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => '>testseq.fsa', -format => 'Fasta');
$out->write_seq($seq);

O seguinte erro está ocorrendo

Cant locate Bio/Seq.pm in @INC at C:\Perl\bin\Sequence.pl line1. BEGIN failed--compilation aborted at C:\Perl\bin\Sequence.pl line1.

Qual é o problema aqui? Como posso identificar se a BioPerl está instalada ou não?

    

Answer 1

para descobrir quais módulos você instalou, abra um terminal e digite:

ppm query

Esta é uma ferramenta que vem com o Active Perl (consulte a FAQ do CPAN ).

Além disso, tenha em mente que o " shebang " ( #!/usr/bin/env perl ) que você está usando será não funciona em um sistema Windows. Não posso ter certeza, pois nunca usei janelas para codificação, mas isso é uma coisa do mundo UNIX, a menos que o active perl ativamente (desculpe) o traduza para qualquer que seja a capacidade do Windows.

Portanto, o bioperl não está instalado ou o seu Perl não está configurado corretamente. O Perl irá procurar por módulos e similares nos diretórios definidos pela variável @INC. Uma maneira simples de verificar se o diretório relevante está na lista está executando este pequeno liner:

perl -e "do{print \"$_\n\"}for(@INC)"

Ele irá imprimir todos os diretórios onde o Perl irá procurar por seus módulos.

PS. Este pode ser um bom momento para verificar o Linux ...