No NotePad ++:
- Abra a caixa de diálogo Substituir no menu Pesquisar- > Substituir ... (ou Ctrl + H)
- Defina o "Modo de pesquisa" como "Estendido"
- Defina 'Localizar o que' para
\r\nspace\r\n
- Defina 'Substituir por' por um único caractere de espaço (ou pelo seu separador desejado)
- Clique no botão "Substituir tudo".