O NTFS foi construído em compactação de disco. Se você fosse compactar o VHD e, em seguida, compactar a pasta em que está contido, o espaço livre seria compactado muito bem. Para compactar uma pasta, basta clicar com o botão direito do mouse nela no Windows Explorer e selecionar Properties|General|Advanced|Compress contents to save space
. Essa provavelmente é sua única chance.