A maneira normal de definir um programa padrão para abrir um determinado tipo de arquivo funcionaria:
Clique com o botão direito em um determinado arquivo .java / .js (qualquer arquivo do tipo que você deseja que o Eclipse abra por padrão) ->
Abrir com ->
Escolha o programa padrão ->
Escolha o Eclipse (talvez seja necessário procurar e encontre o arquivo executável do Eclipse (o iniciador)).
Faça isso para arquivos .java e .js e pronto.