Você pode usar o Fbinst para criar uma partição oculta ( tutorial) , que deve resistir à formatação. Para criptografar a partição, você pode usar TrueCrypt . Não conheço nenhum software livre que faça as duas coisas; É mais provável que seja um processo de duas etapas: crie a partição oculta e criptografe-a.
Se você decidir usar o Fbinst, poderá fazer o download de uma versão com uma GUI em inglês de este link .