Terminar o shell (ou seja, Explorer ou outra coisa) não faz logout. Sua sessão de login sobre o RDP é mais do que apenas o seu shell. Tente este comando em uma janela de prompt de comando na máquina que você deseja fazer logout (ou seja, a máquina em que você tem o RDP):
C:\windows\system32\shutdown.exe /L
Ele deve desconectar você sem desligar a máquina.