No Windows, a ação padrão de Win + E é abrir (My) Computer em uma janela do Windows Explorer, o que pode ter algo a ver com esse problema— embora exatamente o que isso tenha a ver com o problema não seja óbvio para mim. Como você está usando o AutoHotkey, é possível adicionar algo ao seu script .ahk
como o seguinte para fazer com que essa combinação de teclado não faça nada:
#e::return ; ignore winkey+e