Eu imediatamente verifique se há malware . Parece muito semelhante a uma recente picada de vírus e rootkits ocorridos ultimamente. Ele esconde a maioria dos seus arquivos e eu até os vi deletar arquivos.
Quanto aos arquivos ausentes, se eles não estiverem lá, você pode considerar fazer uma pesquisa por eles na pesquisa do Windows (winkey + s).
Se ainda não conseguir verificá-los, talvez queira restaurar a partir do backup.
Se você não tiver um backup (eu recomendo que você comece a manter um :)) existe um software para recuperar documentos excluídos; meu favorito é Recuperação de Pandora .