Existem várias possibilidades. Primeiro de tudo, você provavelmente tem uma conta diferente de root nessas máquinas, que você usa para o seu trabalho de manutenção. Portanto, um local poderia ser o diretório inicial dos usuários (digamos, /home/maintuser ).
Se você deseja que esses arquivos sejam armazenados separadamente de qualquer conta de usuário, o local para localizá-los é /usr/local (o "local" indica que não é mantido pelo sistema; é também onde deve ser instalado manualmente - software compilado, ao contrário daqueles que estão sendo instalados através do sistema de empacotamento de sistemas - ou seja, .tar.gz oposto a .deb , .rpm etc).
Um terceiro lugar comum é um pouco abaixo de /opt , que originalmente foi usado para instalações "sem liberdade" de terceiros.