Eu não tenho experiência com flash drives protegidos por senha, mas provavelmente a proteção por senha é um recurso de software e não de hardware. Se for esse o caso, você pode executar o gparted no Ubuntu e excluir a (s) partição (ões) atual (s) no seu flash, em seguida recriar uma partição e formatá-la no sistema de arquivos desejado.
Para instalar o uso do gparted:
sudo apt-get install gparted
você pode executá-lo em System- > Administration- > gparted
Atualização:
Seu disco pode estar com falha, tente executar
sudo badblocks -v /dev/sdb
se a saída deste comando disser zero bad blocks , tente o teste no modo de gravação para garantir que o disco esteja funcionando bem. Use
sudo badblocks -v -w /dev/sdb
para o teste do modo de gravação.