Uma solução que encontrei é usar o recurso "Executar aplicativo externo", que pode ser encontrado em Arquivo ➮ Opções ➮ Saída ➮ Executar aplicativo externo :
Quando ativado, você pode executar um aplicativo arbitrário para fazer o que quiser com o seu arquivo de vídeo. Eu o uso agora com um arquivo .bat
que chama ffmpeg
com algumas opções para produzir o arquivo .webm
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