Parece um problema com permissões.
Da minha experiência, o Ubuntu mais recente tem um programa chamado apparmor , que não dá acesso a alguns programas (como o MySQL Server) ao armazenamento local. Tente pesquisar no Google por manuais.
Eu tenho um problema muito engraçado com o flash player, eu posso ver filmes do youtube, mas o flash não salva meus dados de uso e não me deixa alterar as preferências. O problema ocorre apenas se eu instalar o adblock e o quake live plugin no firefox antes de instalar o chrome. Removendo / podando flash e firefox não ajuda. Como eu poderia reverter a instalação desses plugins para que eu possa ter flash funcionando no Chrome?
Parece um problema com permissões.
Da minha experiência, o Ubuntu mais recente tem um programa chamado apparmor , que não dá acesso a alguns programas (como o MySQL Server) ao armazenamento local. Tente pesquisar no Google por manuais.