A versão Mono presente nos repositórios (2.6.7) é capaz de executar somente aplicativos .NET 3.5, e o seu é o .NET 4. Para executar sua aplicação, você provavelmente precisará do Mono 2.8 ou, melhor ainda, 2.10.2. Eu não sei quais são os planos para colocar esses frameworks nos repositórios oficiais (eu espero pelo próximo Ubuntu, mas eu não penso assim). De qualquer forma, pesquisando para o mono 2.10.2, você seria capaz de encontrar alguns guias para instalar um ambiente mono paralelo capaz de executar aplicativos .NET 4:)
Espero ser útil Mat.