Descobri que o Acronis Disk Director fará um "clone" direto do disco rígido, incluindo partições de inicialização e as partições ocultas.
Eu não usei para o notebook, mas usei-o para um desktop com sucesso. Isso deve resolver o problema.
Além disso, permitirá marcar uma partição como "Ativo" para que você possa acessar os arquivos na partição oculta.