Se você estiver instalando seu sistema operacional no SSD (e parece que está), precisará reinstalar todos os aplicativos. Isso ocorre porque quase todos os aplicativos dependem de informações de registro para que eles funcionem corretamente. Corrê-los como você descreve funcionaria contra você, alguns mal funcionariam e alguns podem não funcionar.
Alguns exemplos de aplicativos que não dependem do registro são STEAM, eclipse, títulos modernos da Blizzard (o Warcraft 3 sim, mas o WoW é completamente independente, o Starcraft 2 é autônomo).