Estou tendo o mesmo problema.
Eu resolvi esse problema usando SafariOmnibar . Por padrão, ele também usa http na pesquisa do Google. Mas você pode editar o arquivo plist do provedor de pesquisa para usar https. O arquivo plist está localizado em /Library/Application Support/SIMBL/Plugins/SafariOmnibar.bundle/Contents/Resources/SearchProviders.plist
Outra opção é usar Glims para adicionar mecanismo de pesquisa personalizado. Mas talvez seja um exagero instalar este plugin apenas para usar https para a pesquisa do Google.