Isso acabou acontecendo porque nossos provedores de hospedagem tinham limitações / cotas de tamanho configurado em pastas públicas incorretas. As subpastas abaixo da pasta pública pai tinham cotas de tamanho muito menores que a pasta principal, causando um comportamento imprevisível como esse. Além disso, aparentemente havia um problema contínuo (não especificado) com replicação de pasta pública entre servidores geograficamente distantes.
É improvável que isso seja o caso de mais ninguém.