Tecnicamente, você pode usar o agendador de tarefas do Windows para limitar todos os processos do sistema a determinados núcleos ou modificar a afinidade do processo da máquina virtual. Você poderia usar isso para atribuir cada tarefa em execução (antes de iniciar sua máquina virtual) a um núcleo específico da CPU e, em seguida, atribuir a VM a outro núcleo. Obviamente, você não tem controle direto sobre o agendador de tarefas, mas isso deve tornar seus resultados muito mais consistentes.
Outra maneira de garantir resultados consistentes é modificar a prioridade do próprio processo da máquina virtual. Você pode fazer isso em conjunto com a modificação da afinidade principal da CPU ou simplesmente deixar que o agendador de tarefas faça isso e apenas defina a afinidade do processo como Alta. Isso deve priorizar o estado de execução da máquina virtual em relação a outros serviços não essenciais do sistema.
Se você usa uma CPU com hyperthread, convém minha resposta a esta questão relacionada . Se você precisar executar qualquer uma dessas ações via linha de comando ou arquivo em lotes, minha resposta a esta outra pergunta .