Esse é um problema causado pela incompatibilidade do tema padrão do Ambiance com a versão do Nautilus.
Os desenvolvedores do GNOME adoram quebrar isso e aquilo entre os lançamentos do GTK. Desde o Ubuntu 16.04 é fornecido com principalmente componentes GTK 3.18, incluindo Nautilus, atualizando o Nautilus e GTK com quebrar a compatibilidade desses aplicativos com o tema Ambiance padrão.
Você precisa fazer o downgrade para o padrão nautilus e GTK. Eu acho que você adicionou o PPA gnome3-staging.
Então, remova-o com este comando
sudo ppa-purge ppa:gnome3-team/gnome3-staging
Se você preferir ficar com o GTK 3.20 em 16.04, você precisa encontrar temas que funcionem bem com o GTK-3.20.
A lista de temas que suporta o GNOME 3.20 é pouca. Aqui está uma lista
Se você quiser usar o tema padrão do Ambiance:
Se você realmente quiser usar o tema Ambiance e Radiance, baixe o pacote light-themes da versão Yakkety e instale-o no 16.04. Funciona bem no meu teste.
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Faça o download aqui link
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Instale-o usando o seguinte comando enquanto estiver no diretório do arquivo deb baixado.
sudo dpkg -i light-themes*.deb