O que você precisa não é de um software de backup, mas de um software de sincronização. Eu acho que o Robocopy é o que você precisa. É um programa de console. Se você preferir ter uma GUI, pode consultar o RichCopy . Ambas as ferramentas são da Microsoft.
Ambas as ferramentas fazem sincronizações baseadas em arquivos. Então você terá que definir quais diretórios você deseja ter em sincronia.
Eu recomendaria que você tivesse apenas as partições / diretórios de dados em sincronia. Eu sempre reinstalaria o sistema operacional de novo se houvesse um problema em que o sistema operacional não está mais começando. Porque muitas vezes haverá problemas nos diretórios de backup / sincronizados também.