Você pode instalar o 4.8 linux-tools por
sudo apt install linux-tools-generic-hwe-16.04 linux-tools-virtual-hwe-16.04
O linux-libc-dev deve ficar nesta versão. Não é atualizado em 16.04.2.
Isso instalará linux-tools pacotes que devem corresponder à versão do kernel em execução.
Você também pode remover linux-image , linux-headers e linux-tools pacotes da versão 4.4 usando, por exemplo, synaptic se tiver certeza de que não irá usar esses kernels.