você poderia resolver isso com mais alguns diagnósticos,
o comando funciona na prática, em um exemplo simples.
Então, tudo o que você precisa fazer é solucionar o problema.
Parece que você fez a solução de problemas ao ponto de encontrar
ls domain.com/wp-content/themes | grep -v -E 'twentyeleven | index.php'
parece bom.
Tente ls file1 file2 file3 dentro desse diretório. | rm -rf
Tente echo file1 file2 file3 | rm -rf
Tente outro diretório, talvez haja algum problema com isso. A resolução de problemas básica irá levá-lo muito mais longe, possivelmente à solução.
Aqui está um exemplo que funciona. Testado no cygwin.
user@iar ~/aa
$ ls | grep -v -E "op"
er
qw
ty
ui
user@iar ~/aa
$ ls | grep -v -E "op" | xargs rm -rf
user@iar ~/aa
$ ls
op
user@iar ~/aa
$