Se você estiver instalando o Windows na unidade autônoma e tiver certeza de que ele não faz parte da matriz RAID md, não vejo como a instalação causaria problemas.
O problema, no entanto, será que o Windows irá sobrescrever o MBR, removendo assim o seu gerenciador de inicialização Linux. Se você gostaria de usar o gerenciador de inicialização do Windows, você pode, com menos de 7, eu acredito que detectará o Linux, caso contrário você pode seguir os documentos do Ubuntu em como salvar ou reescrever seu MBR para que você possa continuar usando o Grub.