Bem, sua pergunta parcialmente tem uma resposta na citação:
Você está usando sudo para obter permissões de root, mas a maneira como você está usando sudo não ajusta o valor de $HOME , então pip tenta instalar no diretório pip de o usuário que invocou sudo .
Isso pode causar problemas se o usuário real quiser remover ou alterar os módulos instalados, portanto, o aviso.
Para evitar o aviso e, a menos que você não precise, use pip sem root / sudo ou invoque sudo como sudo -H , que definirá $HOME para o usuário que você está alterando, neste caso /root .