Provavelmente é mais fácil usar "-a", que copia os arquivos em "modo de arquivamento" (mantendo permissões, links, etc.).
Se você usar o ssh como shell, a propriedade etc. ocorrerá por padrão:
rsync -a -e "ssh -l remote_user" hostname:remote_folder/ local_folder
Você precisa fazer isso de duas maneiras, para copiar arquivos locais para remoto e vice-versa.
(Pessoalmente, não estou muito feliz em usar o rsync para fazer isso, já que pode haver problemas se as duas pessoas tiverem editado um arquivo etc. Tenho certeza de que há maneiras de contornar isso, mas comecei a usar um repositório subversion e um script automatizado para sincronizar arquivos.)