Simplesmente faça o eco da variável para outro script de shell no seu diretório pessoal (ou em outro lugar) que comece com. (por isso, ficará invisível na visualização ls padrão). Modifique seu .bashrc para que, na inicialização, ele execute este script de shell.
Exemplo:
foo='What the heck'; echo "foo='$foo'" > ~/.startup.sh
Em seguida, coloque isso em ~ / .bashrc e pronto:
. ~/.startup.sh