Aparentemente isso ocorre por causa de um bug em gtk2-engines-murrine
.
Voltei para a versão anterior do pacote:
sudo apt-get install gtk2-engines-murrine=0.98.2-0ubuntu2
e
Voila! Tudo está devidamente alinhado novamente!
Além disso, se você não quiser atualizar este pacote automaticamente no futuro:
sudo echo "gtk2-engines-murrine hold" | sudo dpkg --set-selections