A única desvantagem prática de usar o Wubi é que é um pouco mais difícil adicionar espaço ao disco do Ubuntu quando você precisar dele. Mas é possível.
Teoricamente e na prática, não há muito se uma lombada de velocidade. Com efeito, o Ubuntu no Windows simplesmente cria um disco virtual na partição do Windows e monta isso. A diferença de velocidade é insignificante a menos que você esteja realmente empurrando a borda.