Não tenho certeza, mas algo que observei no meu servidor Minecraft é o cache de memória que está acontecendo. Para contra-atacar o cache levando toda a memória, executo estes comandos no cron todos os dias ....
Comando
sudo sync
sudo echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches
free_memory.sh
#!/bin/bash
echo -e "3[36mMemory before3[0m"
free -m
sudo sync
sudo echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches
echo -e "3[32mMemory after :)3[0m"
free -m