VLC tem a opção de alterar o atraso do áudio. Embora não haja um atalho de menu para isso (nem achei nada relacionado a "sincronização"), você pode fazer isso com o teclado:
- f diminui o atraso do áudio
- g aumenta o atraso do áudio
Os atalhos podem ser alterados na seção Hotkeys das preferências do VLC (deve ser o mesmo para o Windows, não pode testar agora).
Embora isso mascare os efeitos do áudio atrasado, é claro que isso depende da causa do atraso se essa for uma solução com a qual você pode conviver. Se o próprio fluxo de vídeo estiver atrasado, você poderá envolvê-lo novamente em outro contêiner e corrigir o atraso.