Eu usaria o FAR Manager (edição de 64 bits) para esta tarefa:
FAR Manager (gratuito e de código aberto)
link
Com o FAR Manager, você pode pressionar Alt-F7 para executar uma busca rápida por todos os arquivos que deseja atuar, selecione-os usando a tecla "+" no teclado numérico e pressione CTRL-G para especificar o comando para executar em cada arquivo selecionado.