Eu tenho o mesmo problema. O que eu descobri foi que, se eu selecionasse algo com o botão esquerdo do mouse, ele não "pegaria" até que eu rolasse o ponteiro do mouse sobre o ícone da tarefa. Ou seja, se eu pressionar um link na minha página do Firefox, o Firefox não irá para o link até que eu mova o mouse sobre o ícone do Firefox no topo da página.
Eu acho isso um bug muito ruim para um grande lançamento de alguém tão respeitável quanto o Fedora.