Sugiro que você use o gerenciador de configuração de serviços da sua distribuição para fazer isso, em vez de desativar as coisas sozinho.
Para centos / redhat isso seria ' chkconfig '. Se você nos informar em que distribuição você está, provavelmente podemos lhe dizer o melhor caminho.
Dito isto, os scripts nessas pastas serão links ou scripts simbólicos. Eles são chamados na ordem de seu nome (alfabeticamente, números primeiro). Não deve haver nenhum lado ruim para mexer com eles, exceto pelo chkconfig da distribuição não ser capaz de acompanhar.