Vim fará isso. A versão Cream tem uma interface mais consistente com outros programas do Windows.
Primeiro inicie o gvim. Crie duas janelas lado a lado executando :vnew
. Cole seus documentos nas duas janelas. Para mostrar suas diferenças, execute :windo diffthis
. As duas janelas rolam juntas por padrão. Para fazê-los rolar de forma independente, execute :set noscrollbind
. Para nomear cada janela, clique na janela para selecioná-la e, em seguida, execute :f somename
onde somename é o nome que você escolheu para aquele documento.