Eu tive esse problema em arquivos aleatórios que são locais no sistema de arquivos quando o único outro aplicativo em execução é o firefox com um grande número de guias. Tocando o mesmo arquivo um dia depois e não houve problemas para avançar e voltar conforme desejado. Meu melhor palpite em relação à causa é que havia pouca memória no momento em que eu inicialmente tentei pular no arquivo.
UPDATE adicionando alternativas possíveis:
Não sei quais são os requisitos de software do seu escritório, mas alguns players de mídia são mais eficientes no uso de recursos de rede. Usando tamanhos de arquivo de filme muito grandes, teste vários players diferentes, como o VLC e o Media Player Classic, e veja se eles têm problemas semelhantes ou não. Mesmo se você não puder executá-los na produção, se eles funcionarem, eles pelo menos indicarão a origem do problema: um Windows Media Player mal escrito.