Provavelmente de dh_python2 , que calcula as dependências com base no arquivo requires.txt em egg_info . Este arquivo é criado a partir de install_requires in setup.py por distutils / setuptools.
Você pode desativar a leitura de requires.txt colocando:
override_dh_python2:
dh_python2 --no-guessing-deps
no seu debian/rules . Ou você pode ajudar colocando
alembic alembic
em debian/pydist-overrides (eu acho).