Isso não deve ser um problema para a partição RAID1. Eu tive casos em que as configurações do ICH reverterão para não invadir o BIOS e acabei com duas unidades separadas no Windows. Um foi exatamente como antes. O outro apareceu com muitas letras de drive novas. Agora, no meu caso, eu tinha apenas o volume RAID1. Eu recomendaria usar o Ubuntu Rescue Remix e o ntfsclone para mover seus dados, mas você pode apenas tentar conectar um dos discos ao longo da instalação do Windows. Isso deve funcionar também.
Se houver problemas na leitura da tabela de partições, você precisará de algo como TestDisk ou FindNTFS