Eu dei uma olhada nas fontes do Polipo .
Até onde eu posso ver, não há verificações feitas na URL a ser armazenada em cache. A única parte da URL que ela testa (na rotina httpServerRequest) é o número da porta para implementar sua opção de allowedPorts.
Minha conclusão é que Polipo faz no momento URLs de cache com strings de consulta. Mas é claro que isso pode mudar em versões futuras.